植物含有直接或间接涉及光合作用的许多不同的分子，这也可能赋予植物的颜色。例如，在菠菜中发现的叶绿素分子的混合物吸收几个可见光的多个波长，蓝色范围（400-500nm）和黄色范围（600-700nm）中具有明显的吸收峰。未被吸收的可见光的组合出现为绿色对人眼。叶绿素在其结构中含有卟啉环，中心具有镁离子。卟啉环占分子的大部分吸光度。叶绿素被发现在植物叶绿体的囊体板中。

Carotenoids，在染色体上产生的辅助颜料，在植被中观察到许多颜色有关。有数百种不同类型的类胡萝卜素。胡萝卜得到他们的颜色，这通常是橙色，但不限于胡萝卜素的橙色。Carotene是几种也通过名称的化合物的姓氏萜烯.。

另一种类型的类胡萝卜素植物颜料称为花青素。红甘蓝的紫色颜色和血橙的肉体的生锈红色是花青素存在的结果，这也具有在pH的变化变化的颜色变化的性质。花青素吸收紫外线，植物使用植物进行两种重要功能：吸引增强授粉的昆虫，以及作为“防晒霜”，以保护植物细胞的其他部分如DNA免受有害的紫外线辐射。

叶绿素是荧光物质。荧光物质可以吸收一个波长的光，然后重新启动新的和较长波长的光。如上可以看出，如图1所示，叶绿素吸收在可见光谱的紫色和蓝色区域中的光。如果紫色或蓝光通过菠菜提取物样品闪烁，则溶液以红色的颜色变为红色。红颜色的强度是叶绿素在样品中的指示。