植物包含许多直接或间接与光合作用有关的分子，这也可能赋予植物颜色。例如，在菠菜中发现的叶绿素分子的混合物，例如，在蓝色范围（400-500 nm）和黄红色范围（600-700 nm）中吸收了几种可见光波长，具有独特的吸光度峰。没有吸收的可见光的组合在人眼上显得绿色。叶绿素在其结构中含有卟啉环，中心有镁离子。卟啉环占了该分子的大部分光吸光度。叶绿素在植物叶绿体的类囊体板中发现。

类胡萝卜素，染色体生产的辅助色素与植被中观察到的许多颜色有关。有数百种不同类型的类胡萝卜素。胡萝卜得到其颜色，通常是橙色的，但不仅限于橙色。胡萝卜素是几种化合物的姓氏萜烯。

另一种类型的类胡萝卜素植物色素称为花青素。红卷心菜的紫色颜色和血橙肉的生锈红色是由于花青素存在的结果，其特性也具有变化的颜色随pH变化而变化。花色苷吸收紫外线，植物用来执行两个重要功能：吸引昆虫，增强授粉，作为“防晒”，以保护植物细胞的其他部分（例如DNA），例如DNA免受有害紫外线辐射的影响。

叶绿素是一种荧光物质。荧光物质可以吸收一个波长的光，然后再将新的光波长重新染色。如图1所示，叶绿素吸收可见光谱的紫色和蓝色区域中的光。如果紫色或蓝光通过菠菜提取物样品发光，则溶液会变成红色。红色的强度表明样品中有多少叶绿素。